Eretta in uno degli angoli più caratteristici dell’antico centro storico a ricordo della visita apostolica compiuta dal santo nel 1580 e quale compimento del voto formulato dalla popolazione gardonese nell’imperversare della pestilenza del 1629-1631, la chiesa già cominciata nel 1634 è completata negli ultimi decenni del secolo, mentre il campanile è terminato nel 1706.
Tra il 1748 ed il 1756 si costruisce la cappellina laterale di S. Gaetano, si colloca l’organo, opera di Giuseppe Cadei da Paratico e si posa l’altare maggiore, eretto con i proventi di un lascito di Giovanni Battista Beccalossi. Nel 1773 Pietro Scalvini firma e data gli affreschi della cupola che sovrasta il piccolo presbiterio. Nel 1919 Giuseppe Trainini dipinge i medaglioni della navata. Importanti lavori di restauro alla copertura del tetto ed alla torre campanaria si compiono nel 1968, anno nel quale si provvede anche all’attuale pavimentazione della chiesa e alla sistemazione dell’altare maggiore, in conformità con le nuove esigenze liturgiche. Gli ultimi interventi di ripristino dell’edificio sacro, conclusi con la nuova tinteggiatura esterna del tempio (Fratelli Martelli) e la sistemazione in acciottolato del piccolo sagrato sono ultimati nel 1995.
Un protiro, con frontone triangolare, si articola con la facciata mediante un accordo curvilineo. Sopra il portale, inclinato sulla facciata, un medaglione reca lo stemma di S. Carlo e il suo motto HUMILTAS ed è accompagnato dalla raffigurazione delle insegne cardinalizie del santo titolare. Il campanile con la sua originale cupola orientaleggiante reca la data del 1706. L’ingresso laterale che, per chi guardi la facciata, si apre sull’angolo sinistro dell’edificio, è preceduto da un portichetto stretto ed alto formato da due colonnine corinzie sulle quali poggia un elegante arco a tutto sesto. A fianco di questo ingresso notevole l’antico altare del Corpo di Cristo, datato 1539, che il Falsina dice proveniente dalla parrocchiale. Internamente l’aula, a croce latina, presenta una sola navata, piuttosto corta e larga. Il presbiterio sovrastato da una cupola ovale si apre ai lati in due ampie cappelle che determinano un piccolo transetto.Il ciclo affreschivo più importante si deve al ricordato Pietro Scalvini, che nella cupoletta del presbiterio celebra la gloria del Borromeo e nei quattro peducci presenta le virtù cardinali. Al medesimo artista possono con ogni verosimiglianza attribuirsi anche i due medaglioni delle cappelline laterali al presbiterio: in quella che si colloca alla destra di chi guardi l’altare maggiore è raffigurato San Carlo che assiste gli appestati, nel piccolo transetto sinistro si riconosce S. Carlo che distribuisce le sue ricchezze ai poveri. Nei medaglioni della navata centrale il Trainino dipinge le virtù teologali.
Di notevolissimo interesse è la pala maggiore della chiesa opera di Francesco Paglia databile alla fine degli anni Ottanta del Seicento – secondo la storica dell’arte Stradiotti – ma forse riferibile anche ai primi anni Novanta perché la soasa lignea che la comprende è sicuramente datata 1692. L’opera d' intaglio è assegnata a Gaspare Bianchi da Lumezzane, uno dei più validi scultori bresciani del sec. XVII. Degna di nota anche la pala dell’altare laterale di S. Gaetano ora collocata sulla parte sinistra della navata. Nel dipinto opera certa di Bernardo Podavini, databile al 1775, compaiono oltre al titolare dell’altare, i santi Filippo Neri, Andrea Avellino e Luigi Gonzaga. Segnalabile inoltre, sulla medesima parete il Martirio di un Santo Vescovo, opera di buon artista bresciano del Seicento. Sopra l’altare di S. Gaetano si vedano infine le statue di S. Giuseppe e S. Antonio da Padova, opere di Martino e G. Luigi Sandrini offerte al tempio dal prevosto emerito mons. Giuseppe Borra nel 1990. Nella nicchia centrale una modesta statua del S. Cuore opera del Righetti.
