L’istanza gardonese per un’autonoma vita religiosa, cui si è già accennato, trovava sempre più validi motivi di appoggio, nelle spese sostenute dalla comunità per la costruzione della chiesa di San Marco già ampliamente dotata d’arredi di valore, e nella eccessiva lontananza dalla Pieve inzinese di alcune contrade gardonesi.
Queste distanze pregiudicavano la partecipazione alle cerimonie, soprattutto di anziani e donne, e l’amministrazione tempestiva dei sacramenti (Battesimo ed Estrema Unzione). L’8 febbraio 1502, Antonio, Cardinale di Sabina, in nome del pontefice Paolo III, accoglie le istanze gardonesi e concede la separazione da Inzino che ha come effetti immediati l’erezione autonoma in nuova cura della chiesa di S. Marco ed il suo diritto di dotarsi di campanile, campane e fonte battesimale. Viene anche concesso alla comunità di Gardone il giuspatronato nell’elezione e nella deposizione di curati e Rettori della chiesa, giuspatronato cui il comune ha rinunciato solo in anni recenti. All’esecuzione del decreto si oppone Pietro Malatesta, arciprete d' Inzino e cittadino veneto, che promuoverà un contrastato processo che troverà conclusione solo nel 1544 con l’affermazione definitiva delle ragioni di Gardone.
A questa vicenda che trova pacifica e soddisfacente conclusione ne seguirà un’altra che sarà di travaglio alla comunità per lunghi anni. La lavorazione del ferro costringeva gli abitanti di Gardone a mantenere stretti rapporti con i minatori dell’alta Valle il cui lavoro aveva dirette conseguenze sulla produzione gardonese. Nel 1520 Venezia impose un forte dazio sull’estrazione del ferro che ebbe come conseguenza l’immediata riduzione della produzione armiera e che costrinse molti valligiani ad emigrare, in cerca di lavoro, oltre i confini nazionali. Emigrare all’estero significava per questi rudi uomini anche entrare in contatto con le nuove idee protestanti che saranno poi riportate in patria a crisi economica conclusa. La diffusione di queste idee, un tempo giudicate eretiche, troverà fertile terreno nella presenza in alta Valle di maestranze tedesche che consentiranno all’eresia di diffondersi con molta rapidità.
L’Anabattismo, che meglio si adattava a dar concreta forma alle aspirazioni riformistiche delle classi più umili ed in particolar modo degli artigiani, troverà molti discepoli e sostenitori. I centri di maggior diffusione del pensiero protestante diventeranno, anche aiutati dall’autonomia giuridica della Valle, Collio (dove predicava il convertito frate francescano Gomezio Loviselli) e Gardone dove un folto numero di maestri di canne (Andrea Chinelli, Giuseppe Cominazzi, Cipriano Daffini, Maffeo Franzini e molti altri) si convertì alle nuove idee sotto la guida del cremonese Gerolamo Allegretti.
Il fervente proselitismo portò all’apertura di un processo contro gli eretici che il Senato impose ( quasi a garanzia per gli accusati) si svolgesse a Venezia. La conclusione della causa vide il De Giusti e l’Allegretti costretti all’abiura ed altri accusati condannati al bando. Le pulsioni ereticali non cessarono però con le sentenze dei processi tanto è che nel 1556 a Gardone vengono incendiate le porte ed alcuni confessionali della Basilica di S. Maria degli Angeli in segno di protesta contro i frati francescani, il cui ordine ricopriva anche incarichi inquisitoriali. I tentativi di debellare l’eresia hanno scarso successo anche per le caratteristiche geografiche del luogo che offre riparo e nascondigli sulle montagne. Nonostante un ordine della Serenissima in data 14 ottobre 1563, che stabilisce d’applicare la pena di morte agli eretici (con ben altri mezzi operava il Consiglio dei Dieci quando voleva raggiungere uno scopo) ci si limita all’espulsione di alcuni gardonesi che raggiungeranno Tirano, la Valtellina ed altri esiliati che in questa terra hanno trovato rifugio e lavoro.
